Um sistema de monitoramento possibilita o acompanhamento de atividades de um programa por meio da seleção de indicadores. Para gerenciar este tipo de sistema, precisa-se de uma matriz de responsabilidades bem definida na qual estão listados os responsáveis por cada informação e a periodicidade de sua coleta. A gestão de um sistema de monitoramento deve ser preferencialmente feita pelo próprio programa/projeto de modo que este esteja integrado nos sistemas administrativos como um todo.

Assim, faz-se necessário um trabalho prévio de capacitação dos responsáveis para que se apropriem dos indicadores a serem utilizados, ou mesmo participem de sua construção. Um sistema de monitoramento pode incorporar módulos avaliativos, com revisões periódicas de metas e a contratação de avaliadores externos, completando o ciclo de avaliação, formulação e implementação. Portanto, antes de se pensar a interface de informações do sistema, o gestor deve ter uma visão de seu propósito para o planejamento das ações do programa. O conhecimento técnico para a administração de um sistema de monitoramento envolve em igual medida a capacitação dos usuários, o desenvolvimento de indicadores e a implantação do sistema de informações.